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未來已來! 基因捕手NGS蓄勢待發(fā),推動結(jié)直腸癌進(jìn)入精準(zhǔn)診療2.0時代

結(jié)直腸癌是我國常見的惡性腫瘤之一。近年來,隨著生活方式的改變以及人口老齡化趨勢加重,我國結(jié)直腸癌發(fā)病率和死亡率始終保持上升趨勢。

世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究機(jī)構(gòu)(International Agency for Research on Cancer,IARC)數(shù)據(jù)顯示,我國2020年結(jié)直腸癌的新發(fā)病例數(shù)為56萬例,因結(jié)直腸癌死亡病例達(dá)29萬例。其中,約25%的結(jié)直腸癌患者在確診時已出現(xiàn)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。[1]此外,30%的患者在治療過程中發(fā)生轉(zhuǎn)移,轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者預(yù)后較差,5年生存率僅為11.7%。[2]

目前,中國已成為全球結(jié)直腸癌每年新發(fā)病例數(shù)和死亡病例數(shù)最多的國家,結(jié)直腸癌嚴(yán)重影響和威脅我國居民身體健康。[3]并呈現(xiàn)出男多女少、東多西少、城市遠(yuǎn)高于農(nóng)村的局面。[4]

如果結(jié)直腸癌患者錯過了早期發(fā)現(xiàn)并及時診療的機(jī)會,那么隨后不管是影像學(xué)評估、病理學(xué)評估、內(nèi)鏡、手術(shù)、化療、放療等任何一種診療手段的精準(zhǔn)程度都會影響患者的預(yù)后。

可喜的是,隨著診療水平的進(jìn)步以及靶向藥物、免疫治療的出現(xiàn),越來越多的結(jié)直腸癌患者跨越了5年生存期,實(shí)現(xiàn)了更長的生存獲益。在轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者中,RAS基因野生型的患者能夠通過特定的精準(zhǔn)靶向治療藥物(如抗EGFR單抗)實(shí)現(xiàn)生存獲益,改善預(yù)后。

而這也進(jìn)一步推動了以二代測序(NGS)技術(shù)為代表的靶向精準(zhǔn)檢測方法從科研實(shí)驗(yàn)室逐漸走向臨床實(shí)際應(yīng)用。

分子診斷作為精準(zhǔn)醫(yī)療的基石,無疑成為了腫瘤個體化診療應(yīng)用場景的“重要利器”。其中,NGS能夠一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,快速生成非常大的基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究數(shù)據(jù)集,無疑為精準(zhǔn)診斷提供了更大可能性。

從"檢"到"測",網(wǎng)羅全部"獵物"

眾所周知,基因檢測主要包括PCR、FISH、芯片技術(shù)、基因測序,而基因測序技術(shù)是基因檢測的一種�;驕y序主要有一代測序(Sanger測序)、二代測序(NGS技術(shù))、三代測序(單分子測序)等。

PCR、FISH和芯片技術(shù),主要是通過已知序列去調(diào)查特定確定的片段序列或位點(diǎn)的有或無,重點(diǎn)在“檢”,而基因測序技術(shù)是把基因序列上的核苷酸一個一個的測出來,重點(diǎn)在“測”。[5]

如果將前幾種技術(shù)比作“一根魚竿在釣魚”的話,那么后者基因測序技術(shù)更像“一張漁網(wǎng)在撈魚”。特別是針對腫瘤細(xì)胞基因是不斷地發(fā)生突變,腫瘤組織也是動態(tài)變化,每個時期所檢測出來的基因組可能都有發(fā)生變化的情況,更需要強(qiáng)有力的技術(shù)能在檢測過程中的“一網(wǎng)打盡”。

NGS必定責(zé)無旁貸。相比傳統(tǒng)的檢測技術(shù),它具有通量大、時間短、精確度高、信息量豐富等優(yōu)勢。并且,隨著技術(shù)的日趨成熟和成本的降低,NGS已經(jīng)被國內(nèi)外多個權(quán)威指南與共識推薦,用于癌癥研究領(lǐng)域和臨床實(shí)踐,也大大促進(jìn)了精準(zhǔn)醫(yī)療理念“落地開花”。

例如,國內(nèi)CSCO和NCCN指南中都對晚期結(jié)直腸癌患者的生物標(biāo)志物有一定的推薦,建議進(jìn)行KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA等基因檢測,以便更好地指導(dǎo)臨床用藥。

而現(xiàn)行的檢測方法中,一般都是單基因的檢測,以PCR和FISH這兩種方法占比比較多。NGS檢測則可以實(shí)現(xiàn)一次性檢測多種生物標(biāo)記物,既能節(jié)約腫瘤患者珍貴的組織樣本,還能更好地滿足臨床和患者的檢測需求,從而大大提升了腫瘤治療的精準(zhǔn)性。

從技術(shù)到產(chǎn)品,結(jié)直腸癌精準(zhǔn)診斷“利器”顯身手

利好的消息是,今年3月3日,臻和科技自主研發(fā)的結(jié)直腸癌NGS多基因伴隨診斷試劑盒已經(jīng)獲批上市,這也是國內(nèi)首款專注于結(jié)直腸癌的NGS伴隨診斷試劑盒。

臻和結(jié)直腸癌試劑盒(可逆末端終止測序法)

這是一款基于NGS平臺的多基因位點(diǎn)的伴隨診斷產(chǎn)品,可用于體外定性檢測結(jié)直腸癌患者腫瘤樣本中與靶向治療密切相關(guān)的KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因的多種突變狀態(tài),篩選適合接受靶向藥物治療的患者。

據(jù)悉,該產(chǎn)品歷經(jīng)近兩年時間,在包括復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、四川大學(xué)華西醫(yī)院、天津市腫瘤醫(yī)院、河南省腫瘤醫(yī)院、北大人民醫(yī)院等頂尖醫(yī)院在內(nèi)的八家臨床中心,累計(jì)完成1400多例臨床樣本。

最終研究結(jié)果顯示,該款試劑盒在KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的最低檢出限為1%,與已上市產(chǎn)品或者金標(biāo)準(zhǔn)相比,符合率超過99%,達(dá)到了國內(nèi)領(lǐng)先水平。這也是目前市場上參與中心最多、完成臨床樣本驗(yàn)證最多的結(jié)直腸癌NGS伴隨診斷產(chǎn)品。

該試劑盒兼容性更強(qiáng),可匹配MiSeqDx和NextSeq CN500高低兩種通量的測序平臺,供用戶靈活選擇。

對于這款試劑盒的獲批,北京大學(xué)腫瘤醫(yī)院薛衛(wèi)成教授曾表示,這說明國家、政府和行業(yè)主管部門逐漸開始“擁抱”新技術(shù),也意味著相應(yīng)的檢測技術(shù)只要合規(guī)、合法,且操作便捷,就能迅速地應(yīng)用到日常診療過程。

從產(chǎn)品到整體解決方案,NGS檢測一站式平臺“落地”

精準(zhǔn)是腫瘤治療的先進(jìn)理念,病理科的精準(zhǔn)診斷則是這一理念實(shí)施的“必經(jīng)之路”。病理診斷一直被視為腫瘤診斷的“金標(biāo)準(zhǔn)”,其水平的高低直接影響醫(yī)療機(jī)構(gòu)的診斷能力。

NGS不僅在腫瘤診斷與伴隨診斷中發(fā)揮著重要作用,還在疾病早期篩查、腫瘤治療療效評估、腫瘤復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)評估等領(lǐng)域發(fā)揮著不可替代的作用。

但現(xiàn)實(shí)中,極具優(yōu)勢的NGS卻在醫(yī)院病理科應(yīng)用情況不佳。其主要原因在于,NGS檢測技術(shù)流程復(fù)雜,試劑盒質(zhì)量、建庫、報(bào)告解讀,以及人員能力、場地、污染等因素制約著落地應(yīng)用。其中任何一個環(huán)節(jié)出現(xiàn)問題,均會影響檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性,進(jìn)而影響臨床決策。

公眾對醫(yī)療需求的日益增長,病理診斷的工作量不斷加大,患者對病理診斷的準(zhǔn)確性和時效性也都提出了更高的要求。醫(yī)院亟需標(biāo)準(zhǔn)化、自動化、結(jié)果準(zhǔn)確、操作簡便的產(chǎn)品。

秉承“以臨床需求為導(dǎo)向”的發(fā)展理念,著眼于NGS技術(shù)落地難以及業(yè)內(nèi)需求迫切的現(xiàn)狀,臻和科技打造出一整套完善、可靠且有創(chuàng)新性的IVD整體解決方案,包括Genecast Genius G1全自動樣品處理系統(tǒng)及Genecast INTEGRO V1.0 全自動生信分析一體機(jī)等重磅產(chǎn)品,全面助力NGS技術(shù)在醫(yī)院的落地。

Genecast Genius G1全自動樣品處理系統(tǒng)

其中,Genecast Genius G1 全自動樣品處理系統(tǒng)采用集成化設(shè)計(jì),預(yù)置高精密移液系統(tǒng)、PCR儀、恒溫/震蕩等功能模塊,以及全面的防污染設(shè)置,NGS建庫的各個環(huán)節(jié)大部分能在該設(shè)備上自動化完成,盡可能地減少人為干擾,有效降低人員和實(shí)驗(yàn)室投入,全面提升實(shí)驗(yàn)室整體工作效率和運(yùn)行穩(wěn)定性。

Genecast INTEGRO V1.0 全自動生信分析一體機(jī)

Genecast INTEGRO V1.0 全自動生信分析一體機(jī),該產(chǎn)品是高性能、全自動、可拓展的生物分析系統(tǒng)和數(shù)據(jù)管理一站式服務(wù)平臺。它集數(shù)據(jù)管理、生信分析、結(jié)果展示、報(bào)告解讀于一體,最大程度滿足腫瘤基因檢測對下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控管理、分析速度、報(bào)告解讀等臨床應(yīng)用需求。

此外,臻和科技自主開發(fā)的專利核心算法和安全存儲技術(shù),可以保障運(yùn)行過程中的分析準(zhǔn)確和數(shù)據(jù)安全。

“我們希望能夠更好地為醫(yī)院和醫(yī)生賦能,借助更多的工具和手段對抗癌癥,讓患者擁有更好的治療方式和生命質(zhì)量。”臻和科技創(chuàng)始人兼CEO杜波表示。

從理念到行動,提速精準(zhǔn)診療進(jìn)程

需求端的拉動,技術(shù)端的成熟,使用端的期盼……多種因素加速了NGS檢測在醫(yī)院落地。

據(jù)了解,目前國內(nèi)很多頂級三甲醫(yī)院,比如北京協(xié)和醫(yī)院病理科、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院病理科等機(jī)構(gòu)都根據(jù)臨床的需要,依托自身醫(yī)學(xué)分子實(shí)驗(yàn)室的強(qiáng)大技術(shù)實(shí)力,為臨床治療提供專業(yè)的測序檢測及專業(yè)的數(shù)據(jù)解讀病理報(bào)告。

但目前,NGS儀器及試劑組合多樣化,不同平臺技術(shù)要求不同,這又對檢測質(zhì)量帶來諸多挑戰(zhàn)。

那么,該如何保證樣本的檢測質(zhì)量?這就需要從樣本到出具報(bào)告的每個環(huán)節(jié)都需要進(jìn)行質(zhì)控,其中包括樣本DNA/RNA質(zhì)控、DNA文庫質(zhì)控等,只有經(jīng)過嚴(yán)謹(jǐn)?shù)馁|(zhì)控才能確保報(bào)告結(jié)果的準(zhǔn)確性。

其中,最關(guān)鍵的還是NGS檢測對樣本質(zhì)量要求,NGS的檢測首先在組織切片方面要求一定的腫瘤占比(一般要求在20%以上)。過低的腫瘤含量會直接影響結(jié)果,影響基因檢測突變豐度的讀取,會造成一定的假陰性。而血液樣本要注重核酸提取重復(fù)性和提取效率、純度、片斷是否滿足NGS檢測的需求。

此前,國家相關(guān)機(jī)構(gòu)相繼出臺一系列措施對基因測序行業(yè)進(jìn)行監(jiān)管,相關(guān)行業(yè)學(xué)會和協(xié)會也紛紛出臺相關(guān)的指南與共識,比如,中國抗癌協(xié)會靶向治療專業(yè)委員會就聯(lián)合相關(guān)專家與企業(yè)聯(lián)合發(fā)布了2021版《結(jié)直腸癌分子檢測高通量測序中國專家共識》,以規(guī)范NGS檢測技術(shù)在腫瘤診療中的規(guī)范應(yīng)用。

相信未來隨著技術(shù)手段的不斷進(jìn)步、研究探索的不斷開展,人們對腫瘤的了解不斷深化,腫瘤診療必定會結(jié)合患者生物學(xué)特點(diǎn)、基因?qū)W特點(diǎn)或其他特征對人群進(jìn)行精細(xì)化分層,NGS檢測必將“大有作為”。

對于醫(yī)療機(jī)構(gòu)而言,NGS檢測將成為病理科醫(yī)生強(qiáng)有力的技術(shù)支撐,進(jìn)而為臨床醫(yī)生的精準(zhǔn)治療決策提供可靠的參考依據(jù);對于患者來說,NGS檢測將使患者有希望得到更精準(zhǔn)的診斷和治療,從而進(jìn)一步延長生存期和提升生活質(zhì)量;而生物科技公司則需要做好技術(shù)創(chuàng)新研發(fā),細(xì)分產(chǎn)品,為疾病診斷提供最精準(zhǔn)化工具;全方位地推進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)療發(fā)展,為實(shí)施健康中國戰(zhàn)略“添磚加瓦”。

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